Erich Honecker sinh tại Max-Braun-Straße ở Neunkirchen, hiện là Saarland, là con trai một người thợ mỏ, Wilhelm Erich, với bà Caroline Catharina Weidenhof. Hai người cưới nhau năm 1905 và có được sáu người con: Katharina (Käthe), Wilhelm (Willi), Frieda, Erich, Gertrud (sinh 1917; m. Hoppstädter), và Karl-Robert.

Chịu ảnh hưởng từ cha mình, một người hoạt động tích cực trong phong trào Công đoàn, năm 1922 Erich Honecker gia nhập tổ chức Liên đoàn Spartacus khi mới 10 tuổi, và sau đó là Liên đoàn Cộng sản Thanh niên Đức (KJVD), tổ chức thanh niên của Đảng Cộng sản Đức (KPD) vào năm 1926 và gia nhập KPD năm 1929. Từ 1928 tới 1930 ông làm thợ lợp nhà, nhưng không qua được bậc học nghề. Sau đó ông sang Moskva để học tại Trường Quốc tế Lenin và trong suốt cuộc đời còn lại luôn làm một chính trị gia chuyên nghiệp.

Ông quay trở lại Đức năm 1931 và bị bắt giữ năm 1935, hai năm sau khi phe Phát xít lên nắm quyền. Năm 1937, ông bị kết án 10 năm tù vì các hoạt động cộng sản và tiếp tục ở tù cho tới khi Thế chiến II chấm dứt. Sau khi chiến tranh kết thúc, Honecker nối lại các hoạt động trong đảng dưới sự lãnh đạo của Walter Ulbricht, và, vào năm 1946, trở thành một trong những thành viên đầu tiên của Đảng Thống nhất Xã hội chủ nghĩa Đức (Sozialistische Einheitspartei Deutschlands, SED), được hình thành sau sự hợp nhất của KPD và Đảng Dân chủ Xã hội (SPD) trong vùng chiếm đóng Xô viết của Đức.

Sau chiến thắng của SED trong cuộc bầu cử tháng 10 năm 1946, Honecker có vị trí là một trong số những lãnh đạo đầu tiên của SED trong nghị viện Đông Đức thời hậu chiến, Đại hội Nhân dân Đức (Deutscher Volkskongress). Cộng hòa Dân chủ Đức được tuyên bố thành lập ngày 7 tháng 10 năm 1949 với việc thông qua một bản hiến pháp mới, đồng thời thành lập một hệ thống chính trị giống với hệ thống chính trị Liên Xô. Honecker là một ứng viên cho chức Bí thư Ủy ban trung ương năm 1950; tới năm 1958, ông đã là một ủy viên chính thức của Bộ Chính trị.